本書接續《宋元思想史論集（上編）》對北宋學術思想的討論，把探討重心向南宋延伸，全面剖析朱熹思想體系及朱子學派的影響。系統討論了宋元思想中的重要人物，包括周敦頤、張載、程毅、程頤、邵雍等，兼及朱熹、陸九淵等視覺帶出的重要哲學鱷魚。
《中編》則把重心繼續向南宋延伸，以朱熹的思想體係為討論核心。第一章先通論宋代經史學；第二至第四章討論朱子理氣論的系統，目前有關論域分野及其相關「存有」之基礎，朱子的學術史地位及影響，朱子思想的轉變與其中的關鍵；第五章在心學興起的背景下對比朱熹與陸九淵的學說及其背後歷史意義的差異，第六章章討論朱子學派影響下面的湖湘學派。
